Lagunas de Jatuncocha y Garzacocha, son especialmente atractivas por la flora y la fauna característica de estos lugares. Este sector del río Yasuni es un excelente sitio para observar delfines rosados.

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Río Tiputini, es posible acceder con relativa facilidad y el recurso escénico dentro del parque, con flora y fauna espectaculares, es uno de sus mayores atractivos. Conduce además a la población de Nuevo Rocafuerte.